Teksti Annika Holmsten, kuvat Marjut Hukkanen
Noora Ahon väitöskirjatyö vaati myös ohjelmointitaitoja – se tuntui Ahosta sopivan haastavalta. Seuraavaksi hän jatkaa tutkijantöitä Saarlandin yliopistossa Saksassa.
Noora Ahon, 28, tieteenalalla laskennallisessa kemiassa molekyylien ominaisuuksia ja niiden välisiä reaktioita tutkitaan fysiikkaan perustuvilla tietokonesimulaatiomenetelmillä. Väitöksessään hän hyödynsi laskennallisia simulaatioita pH:sta riippuvaisten biologisten prosessien tutkimuksessa.
Monitieteellisyys leimaa molekyylidynamiikkayhteisöä Jyväskylän yliopiston Nanotiedekeskuksessa. Kahvihuoneessa kohtaavat fyysikot, kemistit ja biologit, joita kaikkia yhdistää kiinnostus nanoskaalan ilmiöihin.
”Arvostin suuresti paitsi inspiroivaa tieteellistä ajatustenvaihtoamme myös innostavia arkikeskustelujamme. Yhteisömme positiivinen ilmapiiri kannusti eteenpäin väitöskirjatyössä.”
Vapaa-aikanaan Aho viihtyy kaukana tietokoneista. Hän hiihtää ja vaeltaa luonnossa, tapaa ystäviään ja osallistuu vapaaehtoistoimintaan Jyväskylän Kaverikoirissa. Aho käy jackrussellinterrierinsä Pojun kanssa ilahduttamassa muun muassa opiskelijoita sekä päihde- ja mielenterveyskuntoutujia. Hänellä on myös Jyväskylä kaupungin kautta mummokaveri, jonka kanssa hän käy koirakävelyillä.
Mikä on väitöskirjasi merkittävin tulos?
Kehitin tehokkaan vakio-pH-molekyylidynamiikkamenetelmän maailmanlaajuisesti käytetylle GROMACS-ohjelmistolle, jolla simuloidaan biologisia systeemejä, kuten proteiineja ja solukalvoja. Uuden menetelmän ansiosta on mahdollista suorittaa tavallisia molekyylidynamiikkasimulaatioita vakio-pH-olosuhteissa. Kun pH voidaan asettaa vakioksi simulaatioiden aikana, voidaan saada selville yksityiskohtia prosesseista, jotka riippuvat vahvasti ympäröivän liuoksen happamuudesta.
”Kuka tahansa voi ladata avoimen lähdekoodin GROMACS-ohjelmiston sekä sen vakio-pH-lisäosan.”
Miten tuloksiasi voi soveltaa?
Vakio-pH-molekyylidynamiikkamenetelmän sovelluskohteita ovat erilaisten biologisten kokonaisuuksien mallinnukset. Kuka tahansa voi ladata avoimen lähdekoodin GROMACS-ohjelmiston sekä sen vakio-pH-lisäosan ja tutkia kiinnostavia, pH:sta riippuvaisia mekanismeja laskennallisesti.
Mitä väitöksen tekeminen merkitsi sinulle?
Se merkitsi minulle ensisijaisesti tutkijaksi kasvamista. Opin Computational Biomolecular Chemistry -tutkimusryhmässämme, kuinka tieteellinen tutkimus suunnitellaan, toteutetaan ja raportoidaan. Ajoittain koin taisteluväsymystä ja jopa turhautumista, mutta väitöskirjan tekeminen antoi ehdottomasti enemmän kuin otti. Se avasi minulle tien tutkijanuralle, jota nyt lähden kulkemaan.
Mitä teet seuraavaksi?
Heinäkuussa suuntaan Saarlandin yliopistoon, jossa jatkan postdoc-tutkijana. Siellä saan soveltaa kehittämääni simulaatiomenetelmää kiinnostavien kalvoproteiinien tutkimuksessa. Ennen Saksaan muuttoa vaellan viikon pohjoisessa, nautin Suomen kesästä ja tuuletan tutkijanaivojani.
Noora Ahon väitös Molecular dynamics simulations of acids and bases in biomolecular environments tarkastettiin Jyväskylän yliopistossa maaliskuussa 2023.
Lue lisää:
Noora Ahon väitöskirja: Molecular dynamics simulations of acids and bases in biomolecular environments
